Arrêt maladie dans la fonction publique : principe

Un arrêt de travail en cas de maladie ou d’accident

Lorsqu’un fonctionnaire ne peut pas exercer ses fonctions en raison d’une maladie ou d’un accident, il est doit transmettre un arrêt de travail à son employeur. Comme dans le privé, le fonctionnaire est tenu de justifier son absence auprès de son employeur. Les fonctionnaires sont placés en congé pour maladie ordinaire dès lors qu’un médecin, un dentiste ou une sage-femme leur prescrit un arrêt de travail.

Obligations du fonctionnaire pendant un arrêt maladie

En cas d’arrêt maladie, il est interdit au fonctionnaire d’exercer une activité professionnelle. Il doit aussi se soumettre aux visites de contrôle exigées par son administration. Après six mois, un examen médical de contrôle est organisé par l’administration. Si le fonctionnaire ne respecte pas ces obligations, son employeur peut cesser de lui verser sa rémunération.

Le congé maladie ordinaire (CMO)

Le congé maladie ordinaire (CMO) s’applique lorsqu’un fonctionnaire est dans l’incapacité temporaire de remplir ses fonctions en raison d’une maladie non professionnelle. Un médecin prescrit un arrêt de travail et détermine la durée de l’incapacité. Le fonctionnaire doit alors transmettre cet arrêt à son employeur, qui le place en congé maladie ordinaire.

Ce congé prend fin lorsque la disparition de la cause de l’incapacité est médicalement validée. En l’absence de cette disparition, le fonctionnaire pourra prolonger son absence en fonction de son état de santé.

Le congé longue maladie (CLM)

Le congé longue maladie (CLM) est accordé aux fonctionnaires qui souffrent de maladies graves ou chroniques, et dont l’incapacité dépasse la durée prévue pour un CMO. Ce congé est destiné à offrir un meilleur soutien aux fonctionnaires de l’administration dont l’état de santé nécessite une absence prolongée.

Fonction publique hospitalière, d’État ou territoriale : existe-t-il des différences ?

Bien que tous les fonctionnaires bénéficient d’une prise en charge de leurs arrêts maladie, les détails peuvent différer selon la branche de la fonction publique à laquelle ils appartiennent. En général, les agents hospitaliers bénéficient de régimes spécifiques de gestion du temps de travail et d’absences pour maladie, souvent adaptés aux contraintes du milieu hospitalier.

Quelles sont les nouvelles règles 2025 pour les arrêts maladie des fonctionnaires ?

Décret n° 2025-197 du 27 février 2025

Le décret n° 2025-197 du 27 février 2025 a été publié au Journal officiel le 28 février 2025. Il établit de nouvelles règles concernant la rémunération des agents publics en congé de maladie ordinaire (CMO), en application de l’article 189 de la loi de finances pour 2025. Ce décret s’applique aux congés de maladie ordinaire attribués depuis le 1er mars 2025.

Nouvelle loi sur la rémunération de l’arrêt maladie depuis mars 2025

Depuis le 1er mars 2025, l’indemnisation des fonctionnaires en congé maladie ordinaire (CMO) a été révisée, entraînant une réduction significative des montants perçus :

• Avant le 1er mars 2025, les fonctionnaires étaient indemnisés à 100 % de leur rémunération (y compris les primes et indemnités) pendant les trois premiers mois de leur arrêt maladie.
• Depuis le 1er mars 2025, la rémunération des fonctionnaires en CMO a été réduite à 90 % de leur salaire, dès le premier jour de l’arrêt. Ce taux inclut les primes et indemnités qui étaient perçues pendant la période de travail.

Un ajustement prévu pour certaines catégories d’agents

Les militaires et certains agents de l’administration d’outre-mer bénéficient de régimes spécifiques en ce qui concerne l’indemnisation pendant les arrêts maladie. Ces ajustements sont mis en place pour tenir compte des spécificités de leurs fonctions et situations géographiques.

Extension de la réforme aux contractuels (en attente)

Actuellement, les mesures ne s’appliquent pas encore aux agents contractuels de la fonction publique. Une révision du décret n° 88-145 du 15 février 1988 est nécessaire pour étendre cette baisse de rémunération à ces agents. Ce changement est prévu, mais reste en attente de l’activation de cette modification législative.

Débat sur les jours de carence en cas d’arrêt maladie

La réforme a introduit un débat sur la réduction du nombre de jours de carence. Les fonctionnaires sont soumis à un délai de carence d’un jour avant de pouvoir percevoir des indemnités journalières. Toutefois, ce délai de carence pourrait être augmenté, même si, pour le moment, le gouvernement est revenu sur ce point.

Où envoyer son arrêt de travail en tant que fonctionnaire ?

L’arrêt de travail doit être envoyé directement à l’administration ou à l’organisme public, soit le service RH. Le fonctionnaire doit aussi envoyer une copie de son arrêt de travail à l’Assurance maladie, surtout si l’arrêt dépasse trois jours. Cela permet de bénéficier des indemnités journalières de la Sécurité sociale, si applicables.

Quelles démarches effectuer pour envoyer un arrêt maladie en tant que fonctionnaire ?

Délai de transmission de l’arrêt de travail

Le fonctionnaire doit envoyer les volets 2 et 3 de l’avis d’arrêt de travail dans les 48 heures suivant la prescription par un médecin agréé, un chirurgien-dentiste ou une sage-femme. L’arrêt de travail peut être transmis par voie postale ou par voie électronique. Le fonctionnaire doit conserver le volet n° 1 de son arrêt de travail.

Ce délai peut être prolongé en cas d’hospitalisation ou d’impossibilité de transmettre l’avis dans ce délai. Dans ce cas, le fonctionnaire doit justifier l’envoi tardif dans un délai de huit jours suivant l’établissement de l’arrêt de travail.

En cas de non-respect du délai de transmission

En cas de non-respect du délai de transmission à l’employeur, ce dernier adresse au fonctionnaire un courrier l’informant du retard. Il précise aussi le risque encouru : une réduction de moitié de la rémunération du fonctionnaire en cas de nouvel envoi tardif d’un arrêt dans les 24 mois qui suivent.

Visites de contrôle du fonctionnaire

Le fonctionnaire en arrêt de travail doit se soumettre à des visites de contrôle médicales organisées par l’administration. Après six mois d’arrêt, un contrôle de la situation est obligatoire pour vérifier l’incapacité à reprendre le travail. Si le fonctionnaire ne respecte pas ces contrôles, son employeur peut décider de suspendre ou de réduire le versement de la rémunération.

Comment fonctionne l’indemnisation en cas d’arrêt maladie pour un fonctionnaire ?

La Loi n° 2025-127 du 14 février 2025 de finances pour 2025 modifie les conditions de rémunération du congé de maladie dans la fonction publique. Ces changements sont entrés en vigueur le 1er mars 2025. Selon l’exécutif, cette mesure vise à économiser 900 millions d’euros (estimation de l’inspection générale des finances et des affaires sociales).

Arrêt maladie dans la fonction publique et indemnisation

Le fonctionnaire bénéficiant d’un arrêt maladie est placé en congé pour maladie ordinaire. Au cours de ce congé, le fonctionnaire perçoit (depuis le 1er mars 2025) :

• 90 % de son traitement indiciaire pendant trois mois (contre l’intégralité auparavant, soit une baisse de 10 %) ;
• la moitié du traitement indiciaire (à demi traitement) au cours des neuf mois qui suivent.

Le demi-traitement

Lorsque le fonctionnaire est placé en demi-traitement, il continue à percevoir une rémunération, mais celle-ci est réduite à 50 % de son salaire habituel. Toutefois, certains éléments de la rémunération, comme les indemnités de résidence et le supplément familial de traitement, peuvent être maintenus intégralement.

Quel est le délai de carence pour un arrêt maladie chez les fonctionnaires ?

Délai de carence des fonctionnaires

Depuis le 1er janvier 2014, un seul jour de carence s’applique lors de l’arrêt maladie d’un fonctionnaire. Cela signifie que le fonctionnaire ne reçoit pas de rémunération pendant le premier jour de son arrêt maladie, mais peut percevoir son indemnisation à partir du deuxième jour de son congé maladie.

Exceptions au délai de carence

En cas d’accident de travail ou de maladie pro, aucun jour de carence n’est appliqué. Le fonctionnaire reçoit son indemnisation dès le premier jour de son arrêt. De même, la carence ne s’applique pas pour un second arrêt de travail consécutif pour la même maladie ou si le fonctionnaire n’a pas repris le travail plus de 48 heures par rapport à l’arrêt précédent.

Quelle est la durée maximale d’un arrêt maladie dans la fonction publique ?

Congé maladie ordinaire (CMO)

Le congé maladie ordinaire est accordé pour les maladies temporaires. La durée maximale de ce congé dépend de la gravité de la maladie et de l’avis médical. En règle générale, un fonctionnaire peut bénéficier d’un congé maladie ordinaire jusqu’à un an.

Congé de longue maladie (CLM)

Le congé de longue maladie est destiné aux fonctionnaires souffrant de maladies graves ou chroniques. La durée maximale du CLM est plus longue que celle d’un congé maladie ordinaire, puisqu’elle peut aller jusqu’à trois ans (36 mois) sur l’ensemble de sa carrière.

Congé de longue durée (CLD)

Le congé de longue durée est accordé pour des affections particulièrement graves, souvent de nature incurable ou nécessitant des traitements lourds. Le congé de longue durée peut être accordé pour une durée maximale de cinq ans (60 mois), notamment pour des maladies particulièrement graves ou invalidantes.

Comment sont calculés les jours d’arrêt maladie dans la fonction publique ?

Le calcul des jours d’arrêt maladie par l’administration se fait en jours ouvrés (du lundi au vendredi), à l’exception des jours fériés et des jours de repos hebdomadaire (week-end). Les week-ends et jours fériés ne sont pas comptés comme jours d’arrêt maladie, sauf si l’arrêt tombe spécifiquement sur un jour férié et que l’administration le considère comme tel.

Quelles sont les conséquences d’un arrêt maladie pour le fonctionnaire ?

Les droits du fonctionnaire maintenus

Lorsqu’un fonctionnaire est en arrêt maladie, ses droits sont maintenus sous conditions, mais les conséquences peuvent varier en fonction de la durée de l’arrêt et des règles spécifiques qui s’appliquent dans chaque situation. Les fonctionnaires bénéficient d’une protection de l’emploi, d’un maintien de rémunération.

Congés payés

Les congés payés (congés annuels) continuent de courir pendant un arrêt maladie dans l’administration publique. Autrement dit, un fonctionnaire en arrêt maladie continue d’accumuler des droits à congés payés pendant la période de son arrêt, comme s’il travaillait normalement.

RTT (Réduction du temps de travail)

Un fonctionnaire en arrêt maladie conserve ses RTT pendant son congé maladie, puisque les périodes d’absence pour maladie sont assimilées à des périodes de travail pour le calcul des RTT. En revanche, les périodes d’arrêt maladie ne donnent pas droit à des RTT.

Incidence sur la retraite

Un fonctionnaire en arrêt maladie continue à cotiser pour sa retraite, en fonction de la durée de l’arrêt. Il reste donc soumis à des cotisations retraite. Le compte de pension continue aussi à être alimenté pendant un congé de longue maladie (CLM) ou un congé de longue durée (CLD), même si la rémunération est réduite à 50 % après un certain temps. Cela permet de continuer à cumuler des trimestres pour la retraite.

Ancienneté

Un arrêt maladie ne suspend pas le déroulement de la carrière en soi. Les fonctionnaires continuent à accumuler des anciennetés de service. Toutefois, si l’arrêt maladie est prolongé et s’étend sur plusieurs années, des réévaluations peuvent avoir lieu pour déterminer si un reclassement est nécessaire.

Concours et évolution de carrière

Un arrêt maladie peut toutefois affecter la participation à des concours internes ou externes, des examens professionnels, ou des évaluations de performance, car le fonctionnaire peut ne pas être en mesure de se présenter ou de remplir les conditions de participation. Mais des délais de report peuvent être accordés en fonction de la situation médicale.

Promotion et avancement

Le fonctionnaire en arrêt maladie continue d’accumuler des droits à la promotion et à l’avancement selon son ancienneté et ses évaluations de performance, à condition qu’il remplisse les critères requis. Cependant, si l’arrêt est très long, il peut être nécessaire de faire une demande spécifique pour un avancement en tenant compte de la période d’absence.

Réduction de salaire

La principale conséquence financière d’un arrêt maladie pour un fonctionnaire est la perte de revenus qui, depuis le 1er mars 2025, est effective dès le début de l’arrêt maladie. Le calcul de la rémunération pendant un congé maladie dépend aussi du type d’arrêt et de la durée de l’incapacité.

Comment se passe la fin de l’arrêt de travail du fonctionnaire ?

Suite à un arrêt de moins de six mois

Lorsque l’arrêt de travail d’un fonctionnaire dure moins de six mois, la procédure de reprise est relativement simple et directe. À la fin de son congé pour maladie ordinaire, le fonctionnaire reprend automatiquement ses fonctions sans nécessité de vérifier ses capacités à reprendre le travail. Il retourne donc à son poste sans formalités supplémentaires.

Suite à un arrêt de plus de six mois

En cas d’arrêt de travail supérieur à six mois, le fonctionnaire doit faire vérifier ses aptitudes à reprendre ses fonctions auprès du comité médical. En cas d’aptitude à la reprise des fonctions, le fonctionnaire reprend son poste avec d’éventuelles adaptations si son état physique l’exige. En cas d’avis défavorable de la commission, le fonctionnaire est :

• mis en disponibilité d’office ou ;
• reclassé dans un autre emploi ou (sans motif valable lié à son état de santé pour refuser, l’agent peut être licencié sur avis de la commission administrative paritaire) ou ;
• reconnu de manière définitive inapte à l’exercice de tout emploi et admis à la retraite pour invalidité.

En matière de rémunération, l’agent de l’administration publique continue de percevoir la moitié de son traitement indiciaire jusqu’à la décision de reprise de service, l’admission à la retraite pour invalidité ou la mise en disponibilité d’office.

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